Nació Isidro de Merlo y Quintana en Madrid a finales del siglo XI, puede que hacia 1082, en una humilde casa cercana a la iglesia de San Andrés. Sus padres eran cristianos mozárabes, fieles a la fe que le inculcaron.
Entonces Madrid era una modesta Villa que al ser conquistada por los almorávides obligó a muchos a huir. Uno de ellos fue Isidro, cuyo primer oficio había sido el de pocero. Al llegar a la localidad madrileña de Torrelaguna comenzó a ganarse la vida como labrador.
Era un hombre humilde y sencillo, de gran corazón, que enamoró a María Toribia, con la que se desposó. Ella, también canonizada, es conocida con el nombre de santa María de la Cabeza.
Después de pasar por Caraquiz y Talamanca, la pareja se asentó en Madrid. Isidro retornó al campo si bien no poseía tierras que cultivar, sino que estaba al servicio de Juan de Vargas al que conoció en Talamanca.
Juan era una especie de terrateniente, dueño de hectáreas extendidas por las riberas del Manzanares así como por barrios y aledaños de la ciudad, como los Carabancheles Alto y Bajo, Getafe, Jarama.
En casa de Vargas nacería Illán, hijo de Isidro y de María, y en ella fue objeto de uno de los numerosos milagros que se atribuyen al santo ya que la familia había establecido su morada en ese palacio.
El niño era muy pequeño cuando en un descuido se cayó al pozo, con la natural conmoción de su madre. Conocedor del hecho su padre, al regresar de su trabajo suplicó a la Virgen de la Almudena su mediación. Entonces el agua subió llegando casi a rebasar el borde del pozo lo cual le permitió extraer a Illán sin rasguño alguno.
Isidro era especialmente devoto de la Eucaristía y de la Virgen. No fue hombre versado. No conoció más paisajes que las pocas localidades que recorrió y la majestuosidad de una naturaleza que le hablaba de Dios. Así se doctoró humana y espiritualmente.
La paciencia, el tesón, la generosidad, la constancia, la esperanza, la belleza, todas las virtudes brotaban en su entorno enhebradas de silencios, rotos únicamente por la inigualable sinfonía que le acompañaba: el murmullo del agua, el trinar de las aves o el susurro del viento. Todo era imagen de Dios. Y María acunándole desde su trono en la Almudena y en Atocha.
Su camino hacia la santidad lo efectuó desde el anonimato y la sencillez de una vida colmada del amor a Dios, rubricada por la honestidad en cada uno de sus actos: responsabilidad en el hogar y en el trabajo, abnegación con todos. Un sentimiento hondo de gratitud y paz en medio de la humilde tarea que llenaba muchas de sus horas: uncir los bueyes, cuidado de los animales, poda de rastrojos, vendimia, siembra, cosecha, etc.
Su conducta quedaba realzada en medio de una sociedad dada a vivir con largueza, sumida en ciertas costumbres alejadas del evangelio. Digamos que los gestos del santo denunciaban vicios que dominaban a la clase civil y a la eclesiástica.
El pueblo llano siempre ha sabido distinguir de forma natural la grandeza de una vida que se derrama sin estridencias, pero que está ahí, haciendo germinar en derredor multitud de bendiciones, marcando la brújula de la verdad divina.
Gregorio XV dijo de él: «nunca salió para su trabajo sin antes oír, muy de madrugada, la Santa Misa y encomendarse a Dios y a su Madre Santísima». Todos se percataban de su piedad, bondad y caridad con los pobres. Su fe era tanta que alguna vez, según narra la tradición popular, los ángeles acudieron a reemplazarle en su tarea, arando las tierras para que pudiera asistir tranquilo a misa sin faltar a su trabajo.
El hecho, que forma parte de su proceso de canonización, fue contemplado por un atónito Juan de Vargas que acudió a comprobar su rendimiento laboral ante alguna denuncia que debió llegar a sus oídos en contra de Isidro. Este milagro ha sido recogido por la iconografía; es, por ello, uno de los más conocidos que se le atribuyen al santo, en cuya causa se contabilizaron más de cuatrocientos. Otros prodigios los compartió con su santa esposa, como cruzar el río Jarama sobre una mantilla.
Murió en Madrid el 15 de mayo de 1172. Fue sepultado en el cementerio de San Andrés, de cuya parroquia era diácono Juan, redactor de su vida. En 1212 los restos del santo fueron exhumados encontrando el cuerpo intacto. El rey Alfonso VIII agradecido por la ayuda recibida por intercesión de San Isidro en la batalla de las Navas de Tolosa, construyó una capilla y donó un arca de madera para conservar el cuerpo.
Allí permaneció el cuerpo San Isidro, asta que el rey Carlos III el año 1769, después de expulsar a los jesuitas de Madrid, traslada al cuerpo a la colegita desde la iglesia de San Andrés. Siendo el lugar desde entonces, donde se veneran sus reliquias y las de su esposa Santa María de la Cabeza.
Pablo V lo beatificó el 14 de junio de 1619. Y Gregorio XV lo canonizó el 12 de marzo de 1622, pero al fallecer éste, hubo que esperar al 4 de junio de 1724 fecha en la que Benedicto XIII expidió la bula de canonización. Aquél gran día de 1622 en la gloria de Bernini se encumbraba a los altares a un humilde campesino junto a estas grandes figuras de la Iglesia: Ignacio de Loyola, Francisco Javier, Teresa de Jesús y Felipe Neri.
El 16 de diciembre de 1960 el Papa San Juan XXIII declaró a San Isidro patrón de los agricultores y campesinos españoles.